Према ранијој систематици, пингвини су се сврставали у ред сјеверних гњураца Gaviiformes,[20] али их у новије вријеме сврставају у Sphenisciformes или Impenes.[6] У сваком случају, представљају један од најпримитивнијих редова птица. Број врста пингвина није тачно одређен. У зависности од аутора, број варира од 17 до 20 савремених врста, свих у потфамилији Spheniscinae. На примјер, неки аутори сматрају мале пингвине (Eudyptula albosignata albosignata) посебном врстом рода Eudyptula, док их неки други сматрају подврстом патуљастих пингвина (Eudyptila minor)[31][32][33]. Одређени аутори пак сматрају да је ситуација још сложенија. Слично томе, није сигурно да ли је царски пингвин само макаронски пингвин (Eudyptes chrysolophus) измијењених боја. Даље, сјеверна популација жутоувих пингвина (Eudyptes chrysocome) се по некима сматра посебном врстом[32].